Schülerinnen und Schüler werden entsprechend ihrer Begabungen, Neigungen und Leistungsmöglichkeiten gefördert. Für die Förderung und Unterstützung der Kinder ist die Zusammenarbeit aller Beteiligten von zentraler Bedeutung. Sie legen die Ziele der Fördermassnahmen gemeinsam fest und sichern so die Qualität der Schule. An der Schnittstelle zwischen Regelschule und Sonderschule soll das Prinzip gelten «so viel Integration wie möglich und so viel Separation wie nötig». Damit sollen zum einen Schülerinnen und Schüler, deren Einschränkung den Unterricht in der Regelschule zulässt, in der Schule belassen werden. Zum andern soll Schülerinnen und Schüler mit intensivem besonderen Bildungsbedarf der Sonderschulbesuch ermöglicht werden.

Die Fördermassnahmen der Schule St. Margrethen unterstützen Schülerinnen und Schüler mit besonderem Förderbedarf ab dem 1. Kindergartenjahr. Sie umfassen eine breite Palette von individuell einsetzbaren Förderangeboten, welche im lokalen Förderkonzept der Schule St. Margrethen aufgeführt und beschrieben sind.